Fehérjék az anyatejben, immunvédelem
Bár mennyiségileg sokkal kevesebb a fehérjék aránya (0,9%) az anyatejben, szerepük mégis nagyon különleges és sokféle. A fehérjék felépítéséhez a szervezet 20 féle aminosavat használ fel, ezek közül 8 esszenciális, melyeket az emberi szervezet nem képes önmaga előállítani. Mivel minden faj számára más aminosavak az esszenciálisak, az anyatej fajspecifikussága ebben is megnyilvánul.
Az anyatej kazein tartalma, amely megalvad, túrót képez, éppen ilyen csak az adott fajra jellemző aminosav összetétellel rendelkezik. Az anyatejes babák gyakorlatilag tökéletesen felhasználják a tejben lévő fehérjemennyiséget.
A másik nagy csoportját a fehérje frakciónak a savófehérjék alkotják. Ezek közül különösen fontos a laktoferrin. Gyulladás gátló, segíti a szövetek növekedését és a lactobacillusok szaporodását. Vaskötő fehérje lévén megköti az anyatejben jelen lévő vasat, megakadályozva evvel, hogy azok a baktériumok melyeknek szaporodásához szintén vasra lenne szükség, hozzájussanak. A nyomelemek közül, vasat az anyatej viszonylag keveset tartalmaz, de felszívódása különösen jó (49%-os), ezért a szoptatott csecsemők igen ritkán vashiányosak és nem szorulnak rutinszerűen vaspótlásra. Illetve a feleslegesen adott vas a szükségesnél nagyobb mértékben telíti a laktoferrint, megakadályozva evvel a baktériumosztódást gátló hatás kifejtését.
A biológiailag aktív immunglobulinok (sIgA, IgM, IgD, IgE) szintén fehérjék. Általános és specifikus védelmet nyújtanak a kórokozók ellen
A szoptatott kisbaba emésztőrendszere rendelkezik azzal a különleges képességgel, hogy a biológiailag aktív anyagokat úgy vegye fel, hogy aktivitásukat megtarthassák.
Az immunglobulinok mellett számos immunológiailag aktív komponens található meg az anyatejben, melyek mind-mind segítik a csecsemő immunvédekezését. Ilyenek a sejtes elemek (pl.T és B- limfocita, makrofágok) vagy a baktérium és vírusölő enzimek (pl. lizozim).
Az enzimek (a biológiai folyamatok lejátszódását segítő anyagok) sokfélesége az emberi anyatejben szintén megemlítendő. Szerepet kapnak a csecsemő emésztésének segítésében, segítik az ásványi anyagok és nyomelemek szállítását, védik az anyatej összetevőit a sérüléstől, korai lebomlástól, és szerepet játszanak a fertőzések elleni védekezésben. Aktív anyagok a tejben jelen lévő hormonok is (élettani folyamatokat szabályozó anyagok). Az általuk betöltött funkciók közül a növekedési faktorokként való működésük és a gyomor-bél rendszeri működések szabályozásában betöltött szerepük kiemelendő.